Die Ausstellung „Klöster in Rostock“ in den Kreuzgängen der Klausur präsentiert die Geschichte der vier mittelalterlichen Klöster in der Stadt Rostock: des 1240 entstandenen Franziskanerklosters St. Katharinen, des 1265 eingerichteten Dominikanerklosters St. Johannis, des 1461 errichteten Fraterhauses der Brüder zum gemeinsamen Leben und des 1270 gestifteten Kloster zum Heiligen Kreuz. Sie gibt einen Einblick in die Rostocker Kirchen- und Klostergeschichte, vereint die erhaltenen kostbaren Zeugnisse der ehemaligen Konvente der Mönche und Nonnen, zeigt deren Lebensweise und ergänzt damit die historischen Räume der Klosteranlage mit eindrucksvollen Objekten.  

Im Mittelpunkt stehen neben dem Kloster zum Heiligen Kreuz vor allem Stücke aus dem Dominikanerkloster St. Johannis, die in den Sammlungen des Kulturhistorischen Museums Rostock in besonders reichhaltiger Zahl erhalten geblieben sind. Besonders eindrucksvoll sind Objekte aus dem Schatz des Klosters zum Heiligen Kreuz oder der Reliquienkasten aus Leder aus dem Dominikanerkloster.  

Die Objekte in der Dauerausstellung "Klöster in Rostock" korrespondieren mit anderen Stücken, die vor allem in der Ausstellung zur mittelalterlichen Kunst gezeigt werden, und der eindrucksvollen Klosterkirche (Universitätskirche), die ebenfalls Teil des Rundganges im Museum ist.